Biopanga proteoomika ja AI: valkudest riskiennustuseni

New and Comprehensive Protein Dataset Elevates Health Research

Technology Networks · 2023-10-04 · Allikas

Technology Networksi 4. oktoobril 2023 avaldatud ingliskeelses intervjuus räägib Chris Whelan UK Biobanki valguandmestikust ja uurimisvõimalustest. Video eelneb siin käsitletud 2024. ja 2025. aasta riskimudelite uuringutele ega kinnita nende tulemusi või kliinilist kasu.

Mis on valkude signatuur?

Proteoomika mõõdab korraga paljusid valke. Valkude signatuur on mõõtmiste kombinatsioon, mida ennustusmudel koos kasutab. UK Biobanki uuringud seostavad neid mõõtmisi jälgimisel registreeritud diagnoosidega. Valgu panus ennustusse ei tõenda iseenesest, et see põhjustab haigust.

Mida näitas 2024. aasta uuring?

Carrasco-Zanini ja kolleegid analüüsisid 41 931 osaleja ligikaudu 3000 plasmavalku koos kliinilise teabega ning modelleerisid 218 haiguse esinemist 10 aasta jooksul. 5–20 valku sisaldavad paneelid parandasid ennustust 67 haiguse puhul võrreldes põhilisel kliinilisel teabel põhinevate mudelitega. See on konkreetne teaduslik võrdlus, mitte tõend, et 67 haiguse kliinilised diagnostilised testid on valmis.

Kas närvivõrk on alati parem?

Smithi ja kolleegide 2025. aasta uuring võrdles lineaarset ElasticNeti ja närvivõrgumudeleid 27 tulemi jaoks 53 030 UK Biobanki osalejal 5- ja 15-aastase jälgimisaja jooksul. Närvivõrgud ületasid lineaarseid mudeleid 11 tulemi puhul. Sama mudel ei ole iga ülesande jaoks parim; mõlema uuringu UK Biobanki andmed ei ole teineteisest sõltumatu populatsioonivalideerimine.

Kas riskijärjestus on sama mis isiklik tõenäosus?

C-indeks hindab, kui hästi mudel järjestab inimesi sündmuse aja ja riski järgi; see ei ole inimese haigestumise protsentuaalne tõenäosus. 2024. aasta uuringu väline kordushindamine hõlmas EPIC-Norfolkis kuut haigust, mitte kõiki mudeleid. Teise populatsiooni ülekandmisel tuleb lisaks järjestusele testida ennustatud tõenäosuste vastavust täheldatud tulemustele.

Mida on enne kliinilist kasutust veel vaja?

Need vaatluslikud mudeliuuringud ei anna iseenesest regulatiivset kasutusluba ega tõenda, et mudeli kasutamine parandab patsienditulemeid. Meie toimetuslik järeldus: koos tuleb hinnata kohalikke laborimõõtmisi, eri vanuse- ja populatsioonirühmi, valehäireid, jälgimiskoormust ning suure riski tulemusele järgnevat kliinilist teekonda. Artikkel ei anna individuaalset sõeluuringu- ega ravinõu ega väida RAI toodete tõhusust.